本學系課程皆以輪機工程專業科目為基礎。以機電整合為基礎,著重動力系統的理論研究與實務模擬訓練,加強船舶結構與系統的熱流科學,針對海、陸、空動力廠的研究,養成學生具有模擬分析與故障診斷之能力。以輪機工程理論為基礎,應用機電整合技術,配合工程實務應用,改良動力系統之能源效率,並尋找未來之可替代新興能源,以提供動力廠之經濟效益與環境保護。課程加強數理、機械、電機之基礎專業課程,除基礎理論課程外,也有多項實驗及實習課程,理論與實作並重,並配合STCW國際公約的課程規劃,兼顧學生畢業後的發展性。於一般傳統的機械或機電相關科系相較,本系畢業生職場選擇更多元化,就業市場橫跨海、陸、空三棲,未來的發展領域更加寬廣。
本學系訂有「輪機工程學系碩士學位課程先修辦法」,碩士先修生經錄取並註冊正式成為本校碩士班研究生者,最快可於五年內取得學士及碩士學位。