大學部
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本學系設立「動力工程組」與「能源應用組」。課程於輪機工程架構下前兩年課程不分，皆以輪機工程專業科目為基礎。其中「動力工程組」以機電整合為基礎，著重動力系統的理論研究與實務模擬訓練，加強船舶結構與系統的熱流科學，針對海、陸、空動力廠的研究，養成學生具有模擬分析與故障診斷之能力。而「能源應用組」以輪機工程理論為基礎，應用機電整合技術，配合工程實務應用，改良動力系統之能源效率，並尋找未來之可替代新興能源，以提供動力廠之經濟效益與環境保護。課程加強數理、機械、電機之基礎專業課程，除基礎理論課程外，也有多項實驗及實習課程，理論與實作並重，並配合STCW國際公約的課程規劃，兼顧學生畢業後的發展性。於一般傳統的機械或機電相關科系相較，本系畢業生職場選擇更多元化，就業市場橫跨海、陸、空三棲，未來的發展領域更加寬廣。
本學系訂有「學、碩士五年一貫學程」，可供學生直接報考本學系研究所碩士班，最快可於五年內取得學士及碩士學位。申請五年一貫的優點如下：
1.獎學金優渥：為鼓勵申請並續留本校碩士班就讀，凡取得五年一貫資格，於入學碩士班後第一學期，將核發獎學金一萬元，大學歷年成績班排名前百分之二十加發獎助學金一萬元，若符合低收入戶資格者再加發獎學金一萬元，可獲獎學金最高共計3萬元。
2.省錢：申請五年一貫之同學最多可抵免四分之三碩士班學分，依目前研究所一學分之費用1450元計，最多可節省26100元，若獲指導教授同意而完成五年一貫者，可較別校碩士生提早一年畢業。
3.學雜費：提早一年畢業，少繳一年學雜費。
4.省時間：最快可於五年內取得學士及碩士學位。